I separatkloakerede områder ledes regnvandet i særskilte ledninger til vandområderne. I Haderslev Kommune er der 213 udløb fra separatkloakerede områder.
I separatkloakerede områder er der på nyere regnvandssystemer etableret et eller flere regnvandsbassiner som enten rense- eller forsinkelsesbassiner. Disse skal forhindre erosion særligt i de mindre vandløb. Endvidere tilbageholdes i et vist omfang sand, andre faste partikler og næringsstoffer samt olie fra spild på veje og parkeringsarealer. Der er i forsyningsselskabets regi 73 regnvandsbassiner.