I Haderslev Kommune findes ca. 893 km vandløb, hvoraf de 640 km er offentlige vandløb. Ca. 411 km af vandløbsstrækningerne er målsat i de statslige vandområdeplaner – disse fremgår af figuren nedenfor. Ifølge vandområdeplanerne opfylder ca. 250 km vandløbsstrækning ikke det statslige miljømål.
Målsætningsopfyldelse for de målsatte vandløbsstrækninger i Haderslev Kommune, Vandområdeplan 2015-2021.
Et vandløb, opfylder miljømålet, når bl.a. antal og artssammensætning af hhv. fisk, vandlevende smådyr og vandplanter, hver især er højere end en fastsat indeksværdi. F.eks. skal størstedelen af vandløbene i Haderslev have en sammensætning af ferskvandsinsekter og andre smådyr, der resulterer i en indeksværdi på 5 eller højere i miljøindekset Dansk Vandløbsfaunaindeks (DVFI). Skalaen for DVFI går fra 1 – 7, hvor 1 indikerer det insektliv, der findes i et stærkt forurenet vandløb og 7 findes i vandløb, der er helt upåvirket af menneskelige aktiviteter.
De øvrige økologiske miljøindeks er Dansk Vandløbsplante Indeks (DVPI) og Dansk Fiskeindeks for Vandløb (DFFV). For at opnå god tilstand er der udover en god økologisk tilstand krav om god kemisk tilstand.
De få undtagelser fra dette mål er f.eks. Hoptrup Å fra udløbet af Slivsø til udløb i det sydlige Lillebælt. Hoptrup Å har på denne strækning miljømålet Godt økologisk potentiale, da vandløbet er så fysisk modificeret, at det vil være uforholdsmæssigt dyrt eller vanskeligt at skabe de fysiske forhold, der er nødvendige for at kunne opfylde god økologisk tilstand.